Разъяснения по поводу применения НДС при получении субсидий из местного либо федерального бюджета содержатся в письме Минфина РФ, датированном 01.02.2013 г. за номером 03-07-11/2142.
Денежные средства, согласно пояснениям, данным Минфином, полученные из местного и федерального бюджетов для возмещения затрат по оплате услуг (работ) или приобретению товаров, в налоговую базу не входят, т.к. данные денежные средства никак не связаны с оплатой этих услуг, товаров.
При оплате за счет средств, поступивших из федерального бюджета, суммы НДС не подлежат вычету т.к. принятие к возмещению (вычету) налога, который был оплачен за счет средств федерального бюджета, по сути, обернется повторным вычетом (возмещением) налога из бюджета.
Следовательно, суммы НДС, которые были приняты ранее к вычету по данным товарам либо услугам, работам, необходимо восстановить, о чем говориться в пп. 6 п3.ст.170 НК. Однако, если субсидии получались организацией в виде оплаты реализуемых этим предприятием товаров (услуг, работ), тогда эти субсидии надлежит включать в базу по НДС. Суммы НДС, которые предъявляют поставщики товаров (либо работ, либо услуг) производственного назначения, принимаются к возмещению в стандартном порядке.